王金南建議，加快推進環(huán)境稅費政策改革，建立獨立型環(huán)境稅，“建立覆蓋污染排放、污染產品、生態(tài)保護、碳排放等稅目的環(huán)境稅，積極推進獨立型環(huán)境稅政策出臺”。作為第一步，王金南認為，環(huán)境稅可以對化學需氧量、氨氮、二氧化硫、氮氧化物四項污染物開征排放稅。

廣口徑的環(huán)境稅包括污染排放稅、污染產品稅、生態(tài)保護稅和碳稅。環(huán)保部部屬研究機構對廣義環(huán)境稅的規(guī)劃也較為超前。環(huán)保部環(huán)境規(guī)劃院在相關研究報告中提出了“三步走”建議。

在第一階段(2009年-2011年)，建議搭建環(huán)境稅制度框架，開征硫稅、COD(化學需氧量)稅等污染物排放稅；針對能源產品和一些易導致環(huán)境污染的產品征收污染產品稅；初步開征生態(tài)保護稅；引入碳稅；將排污費納入稅改框架，與污染排放稅重疊部分進行費稅歸位。出臺環(huán)境稅征管條例。

在第二階段(2012年-2015年，即“十二五”時期結束前)，建議不斷改進各環(huán)境稅稅目；拓展污染產品稅、污染排放稅等稅目的征稅范圍；參考國際和國內CDM機制碳稅價格，促進環(huán)境稅法出臺。

在第三階段(2015年-2020年)，建議為在《京都議定書》第三承諾期履約做好技術和能力儲備，不斷改進并逐步建立統(tǒng)一的環(huán)境稅制，包括合理的環(huán)境稅、費體系。

據不完全估算，如果根據上述的廣義環(huán)境稅方案征收，以2006年的稅基測算，全國環(huán)境稅的總收入為2330億元，分別占2006年全國財政收入和稅收收入的6.0%和6.7%，占2006年全國GDP的1.1%。

對于窄口徑的環(huán)境稅———污染排放稅，環(huán)保部環(huán)境規(guī)劃院建議，其征收原則為污染者付費，計稅依據為污染物的排放量。目前可以考慮將排污費中的二氧化硫和氮氧化物收費改為稅收，開征硫稅和氮稅。